要想得到健壮的辣椒苗，苗期管理最重要。
出芽期管理
（1）温度
出芽期是指种子从播种到子叶微展的时期，这个时期幼苗全部营养是种子提供，生命力强的饱满种子是壮苗的前提。催芽的种子出芽期在3-5天，干播的种子出芽期在7-10天。辣椒种子出芽的适宜温度在30℃左右，高于35℃种子发芽受到抑制，低于15℃种子不萌发，保持适宜温度是提高出芽率的重要方法。
（2）水
在种子出芽过程中不能缺水，种子出芽适宜湿度在95%左右，如果种子失水，会抑制种子的萌芽，如果出芽过程中出现苗床缺水的情况要及时补充水分。在出芽期表面覆盖的地膜起到保湿增温的作用，在种子出土达到70%时要及时撤掉地膜，防止幼苗触碰地膜发生烤苗现象。
（3）种子检查
如果出现超过出芽时期而没有出芽的情况，可以拨开种子观察胚是否变色发霉，种子有无异味。如果种子的胚还是健康的乳白色，没有腐烂霉变、无异味，说明种子仍然有生命力，可以保持适宜环境继续等待。如果出现种子变色、发霉、有异味的情况要及时更换种子重新育苗。
破心期管理技术
破心期是指幼苗从子叶微展到真叶露出的一段时期，这个时期是幼苗由异养变成自养的转变期，改变原来由种子提供营养的方式，变成有植物光合作用提供营养的方式，这个时期在7天左右。这个时期需要注意进行降温控湿，以防止下胚轴过分伸长形成“高脚苗”。
方法：控温控水
这个时期白天温度控制在20-25℃，夜晚温度在15-18℃。控制苗床湿度，床土不“露白”不浇水。适当降温控水有利于植株干物质积累，防止徒长，造成植株纤细，抗性减弱，易倒伏，也易感染猝倒病。
